Faktory, které určují účinnost syntézy DNA

V typické syntéze DNA, RNA a přirozeně se nevyskytujících nukleových kyselin hraje klíčovou roli krok deprotekce a párování.

Krok odstranění chránící skupiny je odstranění DMT skupiny na pevném nosiči nebo 5' hydroxylové skupiny na předchozím nukleosidu organickou kyselinou a vystavení hydroxylové skupiny pro následující kopulační krok.K provedení deprotekce se většinou používá 3% kyselina trichloroctová v dichlormethanu nebo toluenu.Koncentrace kyseliny trichloroctové a doba deprotekce (doba deblokace) dominují čistotě konečných produktů.Nízká koncentrace a nedostatečná doba deblokace zanechává nezreagované skupiny DMT, které snižují výtěžek a zvyšují nežádoucí nečistoty.Dlouhá doba deblokace může vést k depurinu syntetizovaných sekvencí, čímž se vytvoří neočekávané nečistoty.

Krok spojování je citlivý na obsah vody v rozpouštědlech a na vlhkost ve vzduchu.Koncentrace vody v syntéze by měla být menší než 40 ppm, lépe menší než 25 ppm.Aby byly zachovány podmínky bezvodé syntézy, měla by být syntéza nukleových kyselin prováděna v prostředí s nízkou vlhkostí, proto našim zákazníkům doporučujeme používatZařízení pro rozpuštění amiditů, který může rozpustit práškový nebo olejový fosforamidit v bezvodém acetonitrilu, aby se zabránilo kontaktu se vzduchem.

Faktory, které určují účinnost syntézy DNA5
Faktory, které určují účinnost syntézy DNA4

Vzhledem k tomu, že rozpouštění fosforamiditů je lepší v situaci bez vody, a molekulární lapače adsorbují stopové množství vody v činidlech a amiditu, je třeba připravitMolekulární pasti.Doporučujeme 2 g podsíta pro 50-250ml reagenční lahve, 5g pro 250-500ml reagenční lahve, 10g pro 500-1000ml reagenční lahve a 20g pro 1000-2000ml reagenční lahve.

Rozpouštění fosforamiditů by mělo být prováděno v inertní atmosféře a výměna aktivátorových činidel a acetonitrilu by měla být dokončena včas.Uzavírací a oxidační činidla by měla být použita co nejdříve, otevřená činidla mají nižší skladovatelnost a nižší aktivitu během syntézy.


Čas odeslání: srpen-09-2022