Základní princip syntézy DNA

Chemická syntéza DNA je založena na strategii syntézy na pevné fázi a fosforamiditové chemii.Na rozdíl od biologické syntézy DNA je materiálem při chemické syntéze DNA DMT (4,4-dimethoxytrityl) a fosforamiditem modifikovaný deoxyriboxysid, jak je znázorněno na obrázku 1. Syntéza DNA se provádí na pevném nosiči (můžeme nabídnout různéSloupec pro syntézu oligo), tedy CPG (sklo s kontrolovanými póry) a PS (polystyren), a celá syntéza probíhá naSyntetizátor DNA/RNA, což je naše hlavní vybavení, má jiný model, jako například: HY jednokanálový syntetizér, HY-12, HY-192 atd., směr syntézy je od 3' do 5' a nukleotid je zaveden na pevný nosič přes jeden cyklus syntézy.Typický cyklus syntézy obsahuje čtyři kroky, deprotekci, kopulaci, uzavření a oxidaci (obrázek 2).Deprotekce se nastaví tak, aby se odstranila DMT skupina na pevném nosiči nebo 5' hydroxylová skupina na předchozím nukleosidu, jako deprotekční činidlo se použije 3% kyselina trichloroctová v dichlormethanu.Poté se fosforamiditem modifikovaný deoxyriboxysid nechal vystavit hydroxylové skupině za pomoci aktivátoru, tj. 5-ethylthiotetrazolu nebo 4,5-dikyanimidazolu, za vzniku fosfitetriesteru (III), a provedl se krok navázání.Krok uzavření se provádí za účelem blokování nezreagované hydroxylové skupiny během kroku kopulace, aby se minimalizovala tvorba nežádoucích defektních sekvencí.Nakonec se nestabilní fosfitetriester (III) oxiduje na chemicky stabilní fosfortriester (V) s jodem jako oxidantem v přítomnosti pyridinu.

Syntetizovaná DNA může být odštěpena z pevného nosiče aminolýzou, současně se odštěpí 2-kyanoethylová chráněná skupina na fosfortriesteru a amid na nukleobázi, Synthesis Plates a Synthesis Columns ve stojanech jsou umístěny přímo v reakční komoře zZařízení pro odstranění ochrany.Surová DNA může být připravena pomocí HPLC, elektroforézy a OPC na vyžádání, můžeme vám také poskytnoutZařízení pro čištěnípro následné zpracování.